產品簡介

Discovery Studio（簡稱DS），是基于 Pipeline Pilot構建的面向生命科學領域的綜合分子建模和模擬平臺。交互式強，易于使用的視窗操作界面和經過多年驗證的科學算法和集成環境使得Discovery Studio被廣泛的用于生命科學的各個研究領域如實驗生物學、藥物化學、結構生物學、計算生物學和計算化學等。Discovery Studio標準C-S架構保證了方便的數據管理和作業監控，另外DS還可以基于科學信息處理平臺Pipeline Pilot（簡稱PP）或者Perl語言對其功能或界面進行靈活的擴展，讓數據的共享和交流變得更為方便和簡潔，為研究人員提供靈活易用的生物大分子和小分子研究領域的設計與優化工具。

Discovery Studio是基于Pipeline Pilot構建的面向生命科學領域的綜合分子建模和模擬平臺。它服務于生命科學領域的實驗生物學家、藥物化學家、結構生物學家、計算生物學家和計算化學家，應用于蛋白質結構功能研究，以及藥物發現。為科學家提供易用的蛋白質模擬、藥物的設計與優化工具。通過高質量的圖形界面、經多年驗證的科學算法以及集成的環境，DS將實驗數據的保存、管理與專業水準的建模、模擬工具集成在一起，為研究隊伍的合作與信息共享提供平臺。

一、科學算法準確可信

Discovery Studio所提供的分子設計與模擬方法中，每個方法所蘊含的科學算法本身都經過詳實的驗證，并發表在高水平期刊上。

二、可擴展性卓越強大

基于領先的科學信息處理平臺Pipeline Pilot（簡稱PP）建立起來的Discovery Studio軟件讓數據的共享和交流變得更為方便和簡潔。用戶可以依托Pipeline Pilot的功能流程定制，制作符合自主需求的科研流程，并加入DS中使用。同時，Pipeline Pilot這個開放平臺技術還為使用者整合自己的或第三方的軟件工具提供了接口。研究者也可以直接使用Perl腳本語言來調用Discovery Studio的相關功能。

三、使用方式靈活方便

用戶可以通過“客戶端（client）—服務器（Server）”模式使用Discovery Studio軟件。具有高質量圖形界面的可視化客戶端，和基于計算的服務器端，為用戶提供了數據、工作流程和計算資源的共享和合作。

四、應用領域豐富廣泛

Discovery Studio以生物大分子、配體小分子的設計與模擬為核心，研究領域包括且不限于：疾病的發病機理研究、新藥發現和設計、生物信息學、結構生物學、酶學、免疫學、病毒學、蛋白質工程、腫瘤研究、食品科學、環境毒理研究等。

Q&A

Q1.我不是做藥物設計的，也可以用Discovery Studio對我研究的體系做相關模擬計算嗎？

Discovery Studio一共包含32個計算模塊，涉及大分子和小分子等多種體系。應用領域不止局限于藥物相關研究，還在酶工程、免疫學、病毒學、蛋白質工程、食品科學、環境毒理研究等方面都有涉及。

Q2.Discovery Studio可以進行抗體人源化嗎？

Discovery Studio有專門的人源化模塊。結合經典的MODELER算法和CHARMm力場，Discovery Studio可自動預測并提供異源抗體序列中可人源化突變的殘基位點信息及后續人源抗體序列中回復突變位點信息，盡可能減少抗體的異源性并且同時盡可能確保其結構穩定性以及抗原結合的特異性。Discovery Studio人源化的可靠性已得到眾多客戶的驗證和認可。

Q3.Discovery Studio使用困難嗎？

Discovery Studio是簡單的圖形界面，所有的計算模塊都可以通過鼠標點擊的方式來調用。對于沒有使用過Discovery Studio的初學者來說非常容易上手。同時我們也有專門的答疑郵箱和技術團隊，您在使用過程中遇到問題可以通過郵件聯系我們。我們也有組織不同專題的培訓班，可以進行現場上機學習。

Q4.Discovery Studio客戶端可以安裝在32位WINDOWS操作系統中嗎？

從Discovery Studio2019版本開始不再支持32位操作系統，即不能安裝在32位的WINDOWS操作系統中，2019之前的版本如2018是有32位安裝包，可以正常安裝在32位操作系統中使用的。

Q5.Discovery Studio支持的顯卡有哪些？

Discovery Studio2019支持的顯卡類型見官網http://www.3dsbiovia.com/products/collaborative-science/biovia-discovery-studio/requirements/technical-requirements-2019.html

Q6.Discovery Studio支持哪些操作系統？

Discovery Studio支持常見的WINDOWS和LINUX操作系統，如WIN7SP1、WIN10、WINDOWS SERVER、RHEL6.3+、RHEL7及CentOS7等。

Q7.Discovery Studio分子動力學模擬支持GPU計算嗎？

從Discovery Studio2019版本開始，Discovery Studio中的分子動力學模擬程序（CHARMm）支持使用GPU計算，是NAMD使用8個CPU核進行并行計算速度的9倍。

Q8.Discovery Studio動力學有哪些計算引擎？是否支持拉伸動力學和自由能微擾計算（FEP）？

除原有的CHARMm引擎的基礎上，還有NAMD計算引擎。給您更多的選擇。Discovery Studio CHARMm還支持拉伸動力學模擬，可動態研究配體的去結合過程、通道蛋白中離子/配體的拉離過程以及蛋白的去折疊過程及構象的變化。Discovery Studio的FEP自由能微擾方法可精確計算一系列同系配體同受體的相對結合自由能，更精準的研究不同配體和受體的結合作用。